W odróżnieniu do pionowo górującego nad otoczeniem Pałacu Kultury i Nauki, gmach warszawskiego MSN-u został zaplanowany horyzontalnie i składa się z dwóch form na planie prostokąta. Jego charakterystyczna biała betonowa fasada, nad której wykonaniem czuwali wykwalifikowani miejscowi fachowcy.
Architekci pracowni Thomas Phifer and Partners zaprojektowali bryłę budynku na podobieństwo świetlnej witryny. Jedność fasady przełamano na wysokości pierwszego piętra pasmem okien, które zapewniają dostęp światła do mieszczących się tam galerii. Wplecenie w sztukę tego miejsca światła tego miejsca okazało się niezwykle ważnym elementem koncepcji.
Parter pełni rolę forum kultury, platformy zaangażowania, która daje mieszkańcom Warszawy większą sprawczość. To nowe centrum grawitacji w stolicy, mające zapraszać swoją otwartością. To przestrzeń spotkań, miejsce oddane ludziom, nowy plac miejski, areny konfrontacji z kulturą współczesną, a także miejsce dialogu i dyskursu osadzonego w życiu miasta. Odwiedzający znajdą tu otwartą salę wykładową, otwartą galerię, z poziomu której artystki będą zabierać bezpośredni głos w dialogu kulturalnym Warszawy, a prócz tego monumentalną klatkę schodową, przestrzeń edukacyjną, kawiarnię oraz księgarnię.
Wspomniana monumentalna klatka schodowa to serce muzeum. Jest zalana naturalnym światłem i stanowi przestrzeń społeczną, w której odbywa się zasadniczy ruch wewnątrz instytucji na jej osi pionowej. To wokół tej centralnej przestrzeni zorganizowane są wejścia do sal galerii, a jej wielkoformatowe okna zapraszają do środka widoki miasta. To opromienione światłem, inspirowane klasycznymi formami podwójne schody, które sprzyjają różnym formom społecznego zaangażowania. To miejsce, w którym ludzie mogą się ze sobą spotykać.
Dyrektorka muzeum, Joanna Mytkowska, zabiegała o stworzenie sal o różnych proporcjach, które same w sobie będą miały udział w kuratorowaniu wystaw. Galerie pierwszego piętra z ekspozycją wschodnią, doświetlane poprzez pasmo okien, korzystają z jaskrawszej dziennej iluminacji słonecznej. Po południu te same pomieszczenia otrzymują dopływ łagodniejszego światła, podczas gdy galerie z ekspozycją zachodnią nabierają życia w intensywnym świetle drugiej części dnia. Atmosfera panująca w tych pomieszczeniach może w mgnieniu oka ulec zmianie wraz z ruchem słońca.
W każdej galerii znajdziemy drewniane pomieszczenie z ławką, stolikiem do czytania oraz oknem. Ten pokój jest częścią doświadczenia artystycznego i miejscem, w którym odwiedzający mogą przystanąć, oddać się refleksji i kontemplacji.
Galerie drugiego piętra są zalane naturalnym światłem wpadającym przez świetliki. Zainstalowane na nich żaluzje i przesłony modulują intensywność wpadających z zewnątrz promieni i ożywiają galerie w ciągu dnia. Dach, określany mianem „piątej fasady” budynku, zapewnia galeriom nieprzerwany dostęp rozproszonego światła dziennego. Model komputerowy stworzony przez ekspertów w dziedzinie naturalnego oświetlenia z firmy Arup wykazał, że w każdym dniu roku przedostające się do wnętrza światło dzienne osiąga średnie natężenie – odpowiadające temu, jakie starannie zaplanował dla niego zespół konserwatorsko-kuratorski Muzeum.