Włączanie dzieł sztuki do zbiorów następuje w drodze zakupu, dzięki środkom przekazywanym muzeum przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Biuro Kultury Miasta Stołecznego Warszawy.
MSN kolekcjonuje dzieła sztuki współczesnej, zrealizowane w różnorodnych mediach: obrazy, rysunki, rzeźby, instalacje, filmy, a także prace dźwiękowe i performatywne. Dzieła poddaje się badaniom, konserwacji i digitalizacji. Są opisywane i ewidencjonowane w ramach podziału na poszczególne kolekcje.
Kolekcja 1 to aktualnie budowany przez zespół MSN-u międzynarodowy zbiór prac reprezentujących najnowsze tendencje artystyczne. W zasobach MSN-u znajdują się także kolekcje historyczne zgromadzone przez awangardowe instytucje sztuki w XX wieku, między innymi warszawską Galerię Foksal i łódzką Galerię Wymiany.