W pierwszej dekadzie działalności Galerii Foksal osoby, które ją współtworzyły, świadomie kwestionowały pojęcia takie jak kolekcja czy muzeum. Artyści i krytycy związani z tą założoną w 1966 roku w Warszawie awangardową galerią kontestowali mechanizmy instytucji artystycznych, m.in. urynkowienie praktyk konceptualnych czy budowanie hierarchii. W jednym z kluczowych dla działalności Galerii Foksal tekstów, napisanym przez jej założycieli w 1966 roku, pt. Wprowadzenie do ogólnej teorii MIEJSCA, postulowano: „MIEJSCA nie można kupić, ani kolekcjonować. MIEJSCA nie można zaaresztować. Na MIEJSCU nie można się znać”.
Mimo krytycznego stosunku do narzędzi i praktyk instytucjonalnych galeria systematycznie obrastała w artefakty, które artyści pozostawiali po zakończonych wystawach. Od 1976 roku powiększający się zbiór dzieł był już ważnym punktem programu, na co dowody można odnaleźć w kilku zachowanych w Archiwum Galerii Foksal dokumentach. W 1977 roku w piśmie skierowanym do Ministerstwa Kultury i Sztuki Wiesław Borowski, jeden ze współzałożycieli GF, przedstawił plany powołania Stałej Kolekcji Dzieł Sztuki Współczesnej. „Stworzenie kolekcji (…) wyobrażamy sobie w następujący sposób: 1. konieczność gromadzenia prac w formie a) zakupów, b) darów, c) depozytów, d) rekonstrukcji autorskich, e) multiplikacji, f) nadania rangi egzemplarzy autorskich dokumentom, wydawnictwom, reliktom itp.” W piśmie z października 1979 roku do Naczelnej Dyrekcji Pracowni Sztuk Plastycznych, ówczesnego organizatora Galerii Foksal, Wiesław Borowski sformułował nawet myśl: „Galeria Foksal powinna stopniowo zrezygnować z repertuarowej działalności wystawienniczej i przekształcić się w placówkę o charakterze muzealnym z własną Biblioteką, Archiwum i Kolekcją. (…) Galeria w nowej formie eksponowałaby zbiory stałe oraz organizowałaby czasowe wystawy indywidualne i problemowe…” Mimo systematycznie podejmowanych prób pozyskania środków oraz miejsca przechowywania zbiorów i pracy z nimi, nie udało się stworzyć ram instytucjonalnych dla kolekcji. Zdeponowano ją w roku 2001 w Centrum Sztuki Współczesnej Zamek Ujazdowski, gdzie znajdowała się do 2017 roku. Po rozwiązaniu umowy depozytowej zbiory przekazano do Muzeum Sztuki Nowoczesnej w Warszawie.
Kolekcja Galerii Foksal, na którą składa się ponad 800 obiektów, nie była budowana metodycznie. Początkowo powstawała na marginesie działalności wystawienniczej – dzieła pozostawiano tam głównie po zakończonych wystawach. Dużą część tego zbioru stanowią fotografie archiwalne i fragmenty tekstów teoretycznych oraz manifestów, które wydrukowano na płytach pilśniowych, by zaprezentować je w cyklu wystaw odbywających się w 1979 roku w Dublinie, Edynburgu, Londynie i Glasgow. Oprawiano też projekty wystaw i dokumentację, tym samym przesuwając je z obszaru obiektów archiwalnych w stronę dzieła sztuki. W latach 90. XX wieku galerii udało się zakupić około dwudziestu prac malarskich m.in. Leona Tarasewicza, Zbigniewa Gostomskiego, Tomasza Tatarczyka, Marii Stangret czy Kōjiego Kamojiego, jednak zakup był sytuacją wyjątkową. Na Kolekcję Galerii Foksal w zdecydowanej większości składają się dary oraz materiały przygotowane na wystawy zewnętrzne. Obok prac m.in. Christiana Boltanskiego, Larsa Englunda, Annette Messager, Edwarda Narkiewicza czy Mikołaja Smoczyńskiego znajdują się w niej wałki malarskie używane przez Andrzeja Szewczyka, czy też rękawy drukarskie wykorzystane przez Mirosława Bałkę w działaniu artystycznym na wystawie Biurokracja w 2001 roku. Kolekcja ma więc postać amorficzną i sama w sobie jest świadectwem zarówno drogi intelektualnej Galerii Foksal, jak i losów instytucji artystycznej działającej w okresie PRL, transformacji i czasów współczesnych.