Filmoteka to również projekt badawczy i edukacyjny poświęcony medialnemu wymiarowi sztuki polskiej. Oprócz archiwizowania filmów Muzeum upublicznia je w internecie w celach edukacyjnych i promocyjnych, działając w imieniu artystów.
W muzeum bada się, digitalizuje i popularyzuje filmy oraz prace wideo zrealizowane w XX i XXI wieku. Zgromadzone w archiwach filmy wybrano ze względu na ich wartość estetyczną, ale także dokumentacyjną i socjologiczną. Są to przede wszystkim dzieła artystek i artystów z pola sztuk wizualnych – filmy eksperymentalne i animowane, zapisy akcji dokamerowych czy unikalne rejestracje happeningów z udziałem publicyści. W archiwach zebrano też kręcone na taśmach 8 i 16mm filmy domowe i dorobek Amatorskich Klubów Filmowych działających przy zakładach pracy w Polsce Ludowej. Istotne i emocjonalnie poruszające prace powstają nierzadko poza instytucjami sztuki czy produkcji filmowej, dla tego w zbiorach MSN-u zacierają się granice gatunków oraz podziały na twórczość profesjonalną i amatorską. Archiwa filmowe MSN stanowią repozytoria plików cyfrowych pozyskanych od twórców lub ich spadkobierców na zasadach licencji niewyłącznych.