Przy Muzeum działa Rada Muzeum powoływana przez Ministra Kultury, Dziedzictwa Narodowego i Sportu.
15 maja 2020 roku Minister Piotr Gliński powołał nowy skład Rady na kadencję 2020-2024. W skład Rady obecnie wchodzą:
- dr hab. Waldemar Baraniewski
- Wojciech Korkuć
- Ewa Malinowska-Grupińska
- dr Monika Małkowska
- Krzysztof Nowakowski
- dr Piotr Rypson
- prof. dr hab. Joanna Sosnowska
- Adam Szymczyk
- prof. dr hab. Andrzej Turowski
- dr hab. Tomasz Wendland
Dyrektorem Muzeum od 6 czerwca 2007 r. jest Joanna Mytkowska.